تأسس معهد البحوث والدراسات الأفريقية ودول حوض النيل بقرار رئيس الوزراء رقم ۷٤۱ بتاريخ 20 مارس 2016 ليضاف إلى كليات ومعاهد جامعة أسوان بناءا على موافقة المجلس الأعلى للجامعات وماعرضه وزير التعليم العالى. ويتبنى المعهد لائحة معهد الدرسات الأفريقية بجامعة القاهره بأقسامه المختلفة. تهدف البرامج التعليمية التى يقدمها المعهد الى تخريج كوادر متخصصة فى الدراسات الأفريقية فى مرحلة الدبلوم والماجستير والدكتوراه للإسهام بشكل فعال ودائم لتحقيق التواصل بين مصر وأفريقيا وتدعيم العلاقات المصرية والعربية بالقارة الأفريقية .