تتلخص أهداف المعهد في الآتي:
1- تعميق المعرفة بالشئون الأفريقية وإعداد أفضل البرامج العلمية والتدريبية والبحثية في مجال البحوث والدراسات الأفريقية، وتطويرها بشكل دائم، بما يجعلها تواكب التقدم العلمي علي مستوي العالم.
2- الإلتزام بالمعايير الدولية للتميز فى الأنشطة والبرامج والخدمات التي يقدمها المعهد، وصولاً بها إلي الجودة والإعتماد.
3- تكوين خريجين متخصصين في الشئون الأفريقية وإعدادهم في التخصصات الأكاديمية التي يقدمها المعهد، بحيث يصبحون علي قدر كبير من التنافسية العالمية، والقدرة على الإستمرار في البحث والتعلم مدي الحياة.
4- إجراء الدراسات والمشروعات البحثية في المجالات التي تهم المجتمع وتسهم فى تحقيق علاقات أوثق بين مصر والدول الأفريقية الشقيقة.
5- تقديم الخدمات البحثية والإستشارية والعلمية والتدريبية التي يتوافر عليها الطلب من جانب المستفيدين من أنشطة المعهد، وخاصة من جانب مصر وفئات المجتمع المدني والقطاع الخاص.
6- متابعة شئون الخريجين، لضمان استمرارارتباطهم بأنشطة المعهد، والإسهام المستمر في تطوير قدراته.
7- تعميق الوعي المصري بأهمية الإنتماء الأفريقي، وتحسين الصورة المتبادلة بين المصريين وأشقائهم الأفارقة، وتدعيم العلاقات المصرية والعربية بالقارة الأفريقية.
يحقق المعهد أهدافه الأساسية بالوسائل التالية:
أ- تنظيم الدروس والمحاضرات وحلقات النقاش والمؤتمرات وإجراء البحوث والدراسات الأفريقية
وتوجيهها والإشراف عليها.
ب- نشر البحوث والدراسات الخاصة بالقارة الأفريقية.
ت- توفير وسائل البحث العلمي وأدواته في الشئون الأفريقية.
ث- تدريب الفنيين الذين يتم إيفادهم من قبل الهيئات والمؤسسات والمصالح الحكومية وتوجيههم إلى الدول الأفريقية.
ج- تنظيم بعثات علمية للدراسات الميدانية بالدول الأفريقية.
ح- استقدام أكبر عدد من الطلاب الأفارقة للدراسة في المعهد للحصول على الدرجات العلمية، وتدريب أكبر عدد من الدارسيين أو المتدربين الأفارقة في دورات تدريبية لمدد محدده.