أنشئ معهد البحوث والدراسات الأفريقية ودول حوض النيل بقرار رئيس مجلس الوزراء رقم 741 بتاريخ 20 مارس سنة 2016 ليضاف إلى كليات ومعاهد جامعة أسوان بناءاً على موافقة المجلس الأعلي للجامعات وما عرضه وزير التعليم العالي.
ويتبني المعهد لائحة معهد الدراسات الأفريقية بجامعة القاهرة بأقسامه المختلفة.
تهدف البرامج التعليمية التي يقدمها المعهد إلي تخريج كوادر متخصصة في الدراسات الأفريقية في مرحلة الدبلوم والماجستير والدكتوراه للإسهام بشكل فعال ودائم لتحقيق التواصل بين مصر وأفريقيا وتدعيم العلاقات المصرية والعربية بالقارة الأفريقية.